Pada tanggal 1 Februari 1946, berdirilah SMP di Kebumen, milik Komite Nasional Indosia (KNI), untuk menampung pelarian murid-murid SMP dari Bandung dan Jakarta - korban Agresi Belanda I berlokasi di belakang rumah dinas/wisma Pemda (sekarang).

Dari KNI di oper ke kabupaten, selanjutnya karesidenan dan kemudian diserahkan ke Departemen (yang pada waktu itu Ibukota RI di Yogyakarta), mendapat nomor urut 13 se-Indonesia.

SMP yang semula berada di belakang Wisma Pemda, dikarenakan kondisi ruangan yang tidak mendukung, maka segera pindah ke SMP Masehi (sebelah Tugu Lawet). Dari lokasi SMP Masehi, karena gawatnya perang, pemerintah daerah mengungsi ke Prembun. SMP juga ikut pindah ke Prembun (di SR/Sekolah Rakyat Kabekelan).

Tak lama kemudian kembali ke Kebumen. Tetapi karena adanya Agresi Militer Belanda II (19 Desember 1948) SMP bubar. Kemudian berdirilah SMP darurat di Jeruk Agung - Klirong dan Sangubanyu - Buluspesantren, yang sebgain besar muridnya sama dengan SMP yang bubar tersebut.

Setelah Belanda dinyatakan kalah, SMP kembali ke kota Kebumen bertempat di ST (sekarang SMPN 7 Kebumen) dengan membawa tempat duduk dan meja sendiri-sendiri, administrasi pendaftarannnya pun asal masuk.

Pada tahun 1952 SMP kembali ke lokasi semula menempati tiga ruang yang telah di rehab, yang hingga kini masih berdiri megah.

Pada tanggal 1 Agustus 1960 berdirilah SMP baru integrasi dari SGB (Sekolah Guru B) sebagai SMP Negeri 2, maka SMP Negeri 1 (SMP Kebumen) dipandang terlalu luas, maka berdasarkan SK Menteri P & K tanggal 14 November 1963 Nomor 165/B.III, yang pada waktu itu dipimpin oleh Bapak H. Suradi Hardjowarsito dipecah menjadi SMP Negeri 1 Kebumen dan SMP Negeri 3 Kebumen sampai sekarang.